En 1868, à l’est du pays, éclate finalement la première guerre d’indépendance. Carlos Manuel de Cespedes, propriétaire terrien, fait sonner les cloches dans son domaine « La Demajagua », libère ses esclaves et appelle à la lutte contre les Espagnols. Cela lui valut le nom de « père de la patrie ». Les rebelles, sous le commandement du général noir Antonio Maceo et du général Maximo Gomez, réussirent à prendre en main la partie orientale de l’île. Portant la guerre allait durer 10 ans, jusqu’en 1878. Un pacte est alors conclu, accordant l’amnistie à tous les rebelles. Antonio Maceo, connu plus tard sous le nom de « Titan de bronze », et quelques autres refusèrent et continuèrent le combat durant encore trois mois, avant de partir en exil. La guerre de 10 ans n’avait pas changé grand-chose et Cuba restait, jusqu’à nouvel ordre, une colonie espagnole.

Durant les années 1880 les plantations et les centrales sucrières prennent de l’extension et de plus en plus de lignes de chemin de fer sont construites. Des investisseurs nord-américains rachètent des plantations espagnoles affaiblies pour une bouchée de pain, alors que de nombreux latifundistes cubains continuent à plaider pour une annexion aux Etats-Unis, vue partagée par plusieurs présidents américains (entre autres Thomas Jefferson). En 1890 tous les impôts sur le commerce entre les deux pays furent abolis et vers la fin du siècle le commerce entre Cuba et les Etats-Unis était plus important que le commerce des Etats-Unis avec tous les autres pays d’Amérique latine. Cuba devenait, après l’Angleterre et l’Allemagne, le troisième partenaire commercial  des Etats-Unis.

Mais des projets pour une deuxième guerre d’indépendance continuaient à se tramer. Le chef de file en était José Martí, le héros de la patrie, une figure qui aujourd’hui encore suscite la fierté et le respect de chaque Cubain. L’homme était plutôt un « penseur », écrivain, journaliste, philosophe et inspirateur puissant du mouvement indépendantiste. Il passa la majorité de sa vie en exil où il luttait inlassablement pour l’indépendance, mais prévenait également du danger du rôle croissant et de l’impérialisme des Etats-Unis (ce qui va s’avérer visionnaire bien plus tard). En 1892 le mouvement indépendantiste se sent suffisamment fort pour entamer une deuxième guerre contre le système colonial espagnol. Martí voyagea à Santo Domingo (République Dominicaine) pour convaincre le général dominicain Maximo Gomez de se joindre à la lutte et y rallia également le général Antonio Maceo, en exil au Costa Rica. Ils voyagèrent ensemble à Cuba où ils débarquèrent à Cajobabo, dans l’est de l’île. Martí tomba au combat à Dos Rios et la lutte se poursuivit sous la direction de Maceo et Gomez.

Les combats vont durer trois ans avant d’aboutir, mais avec un tournant surprenant pour l’avenir de Cuba. Martí avait prévenu. Les Etats-Unis voyaient dans cette guerre une possibilité de contrôler l’île à leur avantage. Les médias américains se font l’écho des atrocités (vraies ou fausses) commises par les Espagnols à un point que plus personne ne s’opposait à une intervention directe dans ce conflit. En janvier 1898 les Etats-Unis envoient le navire de guerre « Maine » à La Havane, soi-disant pour protéger leurs compatriotes. En février le navire explose dans le port de La Havane et 266 matelots périssent. Les Américains prétendent que l’Espagne a saboté le navire et après une tentative ratée pour acheter l’île pour 300 millions de dollars, ils déclarent la guerre à l’Espagne.

La bataille décisive de cette deuxième guerre d’indépendance est celle de la colline de San Juan, près de Santiago de Cuba, où la flotte espagnole fut totalement coulée dans la baie de Santiago. Les Espagnols signent alors un traité de paix avec les Etats-Unis, accordant l’indépendance à Cuba mais en mettant le pays sous la protection des Etats-Unis (durant les négociations les Cubains ne sont consultés à aucun moment). Les Américains estimaient cette protection normale puisqu’ils avaient « aidé » les Cubains dans leur lutte contre les Espagnols (en oubliant qu’ils étaient arrivés à la fin du conflit quand les Cubains avaient pratiquement chassés les Espagnols). Cuba se retrouva sous régime militaire Américain.